Les recommandations de l’AFEF sont rédigées par des spécialistes du thème retenu, membres de l’AFEF. Elles ont pour objectif de donner aux cliniciens des propositions de prise en charge des patients concernés (diagnostic, traitement, surveillance…).
Le conseil d’administration de l’AFEF choisit le thème des recommandations en fonction de l’actualité scientifique et des progrès dans le diagnostic et le traitement des maladies du foie. Un responsable scientifique et un groupe d’experts sont désignés. Les experts ont le devoir de déclarer leurs liens d’intérêt.

Ces recommandations sont proposées et validées par le groupe d’experts sur le principe de l’evidence base medicine : c’est à dire à partir de la production scientifique disponible. Les propositions sont cotées selon un niveau de preuve. Parfois, le groupe d’experts peut proposer une recommandation sans un niveau de preuve scientifique suffisant : on parle alors d’un avis d’experts. Quand c’est nécessaire le groupe d’experts accueille des membres d’autres sociétés (anesthésie-réanimation, maladie infectieuse, chirurgie hépatique, neurologie, addictologie…)

Le texte est ensuite validé par le conseil d’administration de l’AFEF et diffusé via ses réseaux de communication.